食品经营许可证与食品流通许可证的区别如下：

1、2015年10月1日食药局发布的《食品经营许可管理办法》正式实施，食品流通许可证和餐饮服务许可证合并为食品经营许可证。

2、食品流通许可证是以前做食品批发、零售需要办理的，不包括食品加工。

食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。

3、《食品经营许可证》启用后，《食品流通许可证》和《餐饮服务许可证》将同时停止发放，仍在有效期内的证书可继续使用，今后新申请从事食品经营活动和原证到期、变更需换证的，一律发放《食品经营许可证》。